Κατά τη διάρκεια της φοίτησης τους οι μεταπτυχιακοί φοιτητές μπορούν να αιτηθούν την συμβουλευτική καθοδήγησή τους κατά την διάρκεια των σπουδών τους από ένα μέλος ΔΕΠ των διδασκόντων στο ΠΜΣ που θα έχει το ρόλο του Ακαδημαϊκού Συμβούλου (ΑΣ). Ο ΑΣ σε συνεργασία με τον Μεταπτυχιακό Φοιτητή ρυθμίζουν τον τρόπο επικοινωνίας και συναντήσεων μεταξύ τους.
Τα καθήκοντα του ΑΣ περιλαμβάνουν:
α) Την καθοδήγηση και υποστήριξη των φοιτητών καθ’ όλη την διάρκεια της φοίτησης τους για θέματα σπουδών, προσωπικά προβλήματα κλπ.
β) Την ενημέρωση και υποστήριξη των φοιτητών στην καλύτερη επιλογή των στόχων τους μετά την ολοκλήρωση του ΠΜΣ (ακαδημαϊκές, επαγγελματικές προοπτικές)
γ) Την συζήτηση οποιουδήποτε θέματος το οποίο δημιουργεί εμπόδια στις σπουδές τους
δ) Την υποστήριξη επιλογής και διεξαγωγής ερευνητικών ή άλλων εργασιών κατά την διάρκεια της φοίτησής τους (σε συνεργασία με την Διοίκηση του ΠΜΣ)
Στο τέλος του κάθε Ακαδημαϊκού Έτους ο κάθε ΑΣ συντάσσει ετήσια έκθεση αναφοράς προς την Διοίκηση του ΠΜΣ «Ρευματολογία-Μυοσκελετική Υγεία» (Δ/ντή, ΣΕ) για τυχόν προβλήματα και δυσλειτουργίες που έχουν αναφερθεί από τους φοιτητές και αφορούν τη λειτουργία του συγκεκριμένου ΠΜΣ.
Η Διοίκηση του ΠΜΣ «Ρευματολογία-Μυοσκελετική Υγεία» (Δ/ντής, ΣΕ) υποβάλλει στην συνέχεια έκθεση προς την Γενική Συνέλευση της Ιατρικής Σχολής (μέσω της Επιτροπής Μεταπτυχιακών Σπουδών) με συγκεκριμένες προτάσεις διαχείρισης και επίλυσης τυχόν προβλημάτων.
